ムソーは、日本人が長年にわたって築き上げてきた健全な食文化の発展に努めてきました。そのために、マクロビオティックの考えに基づいて、食べものの「安心・安全」をより厳格に定めたのをはじめ、本物だけがもつ味と風味を多くの人に伝えたいという願いから、独自のルールを設けました。それが５つの「食べもの品質基準」です。

1. 
   収穫後の農産物に農薬を散布するポストハーベストや燻蒸は、長期輸送・貯蔵される輸入農産物にはつきものです。ムソーは、原料に国内産の農産物をできるだけ使用することで、残留農薬などによる健康被害を抑え、自給率の向上のほか、農業の振興による美しい田園風景の伝承、輸送に伴う二酸化炭素排出の低減などにも寄与すると考えます。
2. 
   化学合成された農薬や肥料は、使いすぎると環境や人体を汚染し、生態系を壊してしまう恐れがあります。ムソーは、３年以上にわたり農薬と化学肥料を使用していない農地でつくられた有機農産物を優先して原料とすることで、有機農家を支えてその輪を広げ、持続可能な社会の実現に向けた取り組みにつなげたいと願っています。もちろん遺伝子組み換え作物には反対の立場です。
3. 
   主に見栄えや口あたりのいいものを安く大量に製造・流通させるために、一般の加工食品にはさまざまな合成食品添加物が多用されています。しかしその中には、人体への悪影響が疑われるものがあるほか、複数の添加物を同時に摂取した場合の危険性についてはほとんど考慮されていません。ムソーは、品質保持のため天然由来を中心とした添加物を必要最小限で使用する以外は、できるだけ添加物を使わないことを基本としています。
4. 
   有機農産物などいくらいい原料を使ったとしても、昔ながらの製造方法を簡略化したやり方では、素材のもつ豊かで自然な味わいが十分に引き出せず、結局は余分なエネルギーや食品添加物で風味を補うことになります。ムソーは、伝統製法を優先することで、さまざまな風土の中で人々の健康と暮らしを培ってきた発酵・醸造文化を守り、食べもの本来の味を次世代に伝えていきたいと考えます。
5. 
   夏野菜は体を冷やし、冬にできる根菜類は体を温めます。旬の作物をいただくだけで、わたしたちは健康に一年をすごすことができます。さらに丸ごとを食べれば、いろんな栄養素をバランスよく摂取できます。ムソーは、ミネラルを含んだ自然塩や砂糖など、精製をなるべく控え原材料を丸ごといかすことで得られる自然なおいしさを大切にします。

現在、国内において遺伝子組み換えされた農産物及びそれを原料とした製品が出回っています。義務表示の対象となる農産物は大豆・とうもろこし・じゃがいも・なたね・綿実・アルファルファ・てん菜です。
ムソーは、人間にとって本来食べ物はどうあるべきかを考える中で、40年にわたって添加物や過度に人工的な手法を用いない安全な食品づくりを心がけてきました。種の壁を越える遺伝子操作技術は、せめて50年くらいの年月をかけた実験室でのデータの積み上げがあってこそ、初めて安全性論議ができるほどの重大な問題だと考えています。故にムソーは、現在の「遺伝子組み換え作物」及びそれを使った「食品」の実用化には基本的に反対の立場です。人類の将来を考えると、安全性についての高度な見当と慎重な判断が必要だと考えています。
取り扱い品の中から、不分別の原料、及び不分別原料由来の原料を極力避けています。
遺伝子組み換え原料の分別状態を、マークをつけることにより表示しています。

「遺伝子組み換え原料」とは、遺伝子組み換えされた農作物およびそれが不分別の原料を素につくられた原材料を統合したものを言います。